Situé en zone aride steppique il est représentatif de la région méditerranéenne, la constitution naturelle du chott est liée à l’histoire géologique des régions sahariennes et hyper arides. Melghir est un type assez rare de zone humide semi-permanente dans la région steppique, et constituent les points les plus bas su Sahara (-35m d’altitude)
On y rencontre des halipèdes, des zones steppiques toujours vertes aux alentours du chott, et au centre, des sebkhas saturées en sel complètement dépourvues de végétation. A ces formations végétales s’ajoutent les formations des zones humides ou se rencontre une végétation purement aquatique lacustre et paludicole.
